除了经济本底、区位条件和基础设施等自身禀赋外,城市在全球化进程中的持续竞争力一方面取决于其在全球资本体系中的支配力,另一方面也取决于其在创新网络中的控制力。利用高端生产性服务企业总部-分支数据和Web of Science合著论文数据,分别构建了全球城市生产性服务业网络和全球城市科研合作网络,并对比了两种网络的结构差异,探讨了形成差异的内在机制。研究发现:①空间结构方面,两种网络均呈现出明显的“南-北”分化和“东-西”差距。生产性服务业网络中的顶级城市比科研合作网络中的顶级城市空间分布更为广阔。②拓扑结构方面,生产性服务业网络的总体网络连通性比科研合作网络更高。两种网络均具有小世界性和无标度性,也呈现出明显的“社群”结构和“中心-腹地”结构,但组织形式有所不同。③生产性服务业与科研合作实践逻辑的不同是造成两种城市网络结构差异的内在机制。